در سال 996 قمری که شاه عباس از خراسان به قزوین رفت و بر تخت شاهی نشست بار دیگر ازبکان به فرماندهی عبدالمؤمن خان ازبک از موقعیت استفاده کرده و به خراسان تاختند و شهرهای هرات و مشهد را تصرف کرده و به خاک و خون کشیدند و به سوی سبزوار و اسفراین پیشروی نمودند. تنها اوغلان بوداق خان چگینی بودکه توانست خراسان شمالی و مرکز فرماندهی اش را در قوچان از شر دشمنان نجات دهد. درچنین روزگار آشفته ای که ازبکان به سوی پایتخت ایران می تاختند.شاه عباس نقشه ای چید و بسیاری از کردهای چشمگزک را که در قفقاز و آذربایجان متوقف بودند به نواحی شرقی قزوین منتقل ساخت که آنها را از شرق پایتخت تا تهران وخوار وورامین و دامنه های رشته کوههای دماوند و البرز را زیر پوشش استحفاظی خود قراردادند و همچون دیواری آهنین بین پایتخت و ازبکان قرا گرفتند.

حدود سال 1000 قمری بود که شهر اسفراین پس از چند شبانه روز مقاومت در برابرازبکان و دفاع جانانه قباد خان کرد کلهر و ابومسلم خان چاپشلو استناجلوئی سرانجام سقوط کرد و ازبکها این شهر را که از آغاز حکومت صفویه تا کنون بارها تخریب و غارت کرده بودند، این بار به کلی ویران نموده و به سوی دامغان و سمنان پیشروی خود راآغاز نمودند تا پایتخت را مورد تهدید قرار دهند. ازبکان این زمان شهر مشهد را بکلی ویران و مردم آن را که به فرماندهی خان استاجلو مقاومت می کردند پس از چند ماه محاصره و تصرف شهر قتل عام کردند بقیه سپاهیان ویرانگر ازبک و مغول که از حدودسیستان و یزد خود را به نواحی مرکزی ایران یعنی کاشان و اراک رسانده و مردم بی دفاع آن نواحی را کشتار و شهرها را ویران و زنان و کودکان را به اسارت گرفته و به سوی خوار و ورامین پیشروی می کردند که در آنجا باکردهای محافظ پایتخت مواجه شده و شکست سختی را از کردها متحمل گشته و با بجا گذاشتن اسرا و غنایم ناچار به فرار شدند و به خراسان رفتند. شاه علی خان کرد چشمگزگ که این زمان ریاست کردهای چشمگزگ را بر عهده داشت شاه عباس را وادار ساخت تا برای سرکوب کامل ازبکان در تعقیب آنان روانه خراسان شدند. جنگهای شاه عباس در خراسان با ازبکان ز سال 1000 قمری تا 1010 قمری بطور پراکنده ادامه داشت که در نتیجه مرزهای ایران پس از یک هزار سال به دوره امپراطوری ساسانیان در شرق رسید. سرزمین های بلخ و مرو وبخارا و خوارزم به وسیله سپاهیان شیروان ایران مفتوح شد و ازبکان از آنجا بیرون رانده شدند. در این سالها تقریباً تمام کردهای مستقر در حدود تهران وارد خراسان شدند و در نواحی شمالی این ایالت مستقر گشتند و در سال 1011 قمری که تقریباً آرامش به خراسان بازگشته بود شاه عباس از بلخ به هرات و مشهد بازگشت و از راه چناران ورادکان شکارکنان به خبوشان (قوچان) آمد و حکومت درگز (درون) رانیزبه خطه قوچان ضمیمه کرد و آنرا به شاه قلی سلطان جد امرای بعدی کرد خراسان تفویض داشت و در درگز لقب امیرالامرایی داد. به قول مؤلف عالم آرای عباسی، شاهقلی سلطان غلام خاصه شریفه چشمگزگ (زعفرانلو) را به رتبه والای ایلت و خانی سربلند گردانیده،حکومت اسکای درون (ایبورد و تسا و درگز) را به او عنایت فرمودند و خاطر ازمهماتآنجا جمع فرموده ( از طریق دره جیرستان و گیفان و جلگه ایوب پیغمبر و راز و مینودشت بازگشته) و در اسکای خوار ( و ورامین) به اردوی کیهان پورملحق شدند. اما کردها که پس از آزادسازی اسفراین از رشته کوه شاه جهان گذشته و واردجلگه شیروان و قوچان شده بودند نخستین قلعه ای که برای خود ساختند قلعه شیروان بود. پس مرکز فرماندهی به درون (درونگر درگز) منتقل شد و بعد در کنار قصبه خبوشان دژی محکم بنا گردید که سران ایلات معتبر کرد با عوامل نظامی خود در آن مستقر شدند وآنجا را به مرکز قدرت رزمی خود بدل ساختند که به کردآباد یا کرد محله معروف شد وبعدها این دژ در جنگ بین عباس میرزا نایب السلطنه قاجار و رضا قلی خان زعفرانلوایلخانی کرد ویران گردید و شاهان بعدی قاجار تعمیرآنرا به خوانین بعدی کرد ندادند. دیگر شهرهای شمالی خراسان از جمله قوچان کنونی ، شیروان،بجنورد، آشخانه، اسفراین (میان آباد) چناران و رادکان و درگز را کردها ساخته اند. استقرار ایلات کرد در خراسان با استقرار ایلات کرد خراسان که قریب به پنجاه هزار خانوار بودند، اوضاع سیاسی و اقتصادی و اجتماعی این ایالت ویران شده ازتاخت و تاز مغولان و ازبکان دگرگون شد و خون تازه ای در شریانهای آن به جریان افتادو امنیت برقرار گردید.هزاران گله گوسفند و اسب و شتر دردشتها و کوهها و مراتع این ایالت به ویژه در نواحی شمالی به چرا مشغول شدند و سطح تولید در امور گله داری و کشاورزی و باغبانی بالا و بالاتر رفت و بازار شهر دگرباره رونق یافت. بوداق خان چگنی حکومت مشهد یافت و پسرانش هر یک در ناحیه ای از جمله مروبه فرماندهی و حکومت نشسته و به رتق و فتق امور پرداختند کردهای زنگنه در نواحی شرقی خراسان و حدود هرات مستقر شدند. ترکان بیات در نیشابور و ترکان قاجار با کردهادر مرو جا گرفتند. کردهای زعفرانلو و شادلو هم که چشمگزگ نامیده می شدند به قول مؤلف مطلع الشمس به گونه زیر مستقر شدند که : شاه عباس شاه قلی سلطان را لقب امیر الامرایی داد در خط آخال گذاشت. و چهل هزار خانوار از اکراد چشمگزگ راکه دو سه سالی در ورامین اسکان داشتند، کوچانیده در ناحیه مزبور سکنی داد که جلوازبک را داشته باشند. در سلطنت شاه سلطان حسین (صفوی 1135 قمری) که امور دولت مختل گردید اکراد آخال نشین از تاخت و تاز ارگنجی و بخارایی شوریده رو به کوه گذاشتند ودر آن زمان ولایت قوچان و شیروان و بجنورد و سملقان مسکن طایفه (ترک) گرائیلی بود. اکراد برای اینکه یورتی به جهت خرید بدست آرند بنای زد و خورد را با طایفه گرائیلی گذاشتند و در اندک زمانی آنها را از محالات مزبوره خارج ساخته، قراخان پسر مهراب بیک بن شاهقلی سلطان که وکیل اکراد چشمگزگ و در معنی ایلخانی این طایفه بود بر این نواحی استیلا یافت و شیروان را یورت قرار داده، تمام چهل هزار خانوار اکراد چشمگزگ را که زعفرانلو و شادلو و کاوانلو (کاویانلو) و عمارلو و قراچورلو باشند، دریورتهای قوچان، شیروان، بجنورد و مضافات ساکن ساخت. چنانکه از چناران علیا تاچناران سفلی که در حوالی بجنورد است، به زعفرانلو اختصاص یافت و از چناران سفلی الی سملقان یورت شادلو شد. کاوانلو را به سمت مشهد مقدس انداختند. به این معنی که از اول سملقان یورت شادلو شد. گاوانلو را به سمت مشهد مقدس انداختند. به این معنی که از اول خاک چلای خانه که در شمال مشهد واقع و تا قلعه (کردنشین) یوسف خان که درچهار فرسخی سمت شمال قوچان است امتداد دارد یورت طایفه جانی قربانی باشد و کوه شمال چشمه گلپ معروف به چشمه گیلاس (در شمال منطقه چناران و رادکان) که کوه عمارت نامدارد و یک سمت آن (در شمال منتهی) خلاصه طوایف مزبور در محلات مذکور بماندند و بعداز قراخان پسرش بنام بیک وکیل، ریاست داشت پس از او پسرش محمدحسین خان از دولت (نادرشاه پس از مراسم تاجگذاری در دشت مغان به سال 1148 قمری) ایلخانی لقب یافت بعداز آن پسرش امیرگونه خان ایلخانی شد و پس از او رضا قلی خان بن امیر گونه ایلخانی گردید.بعد از اوسام خان بن رضاقلی خان (دلیرترین و سیاستمدارترین خوانین زعفرانلوحاکم مشهد و فاتح هرات) ایلخانی و بعد از سام خان امیرحسین خان برادرش ایلخانی طایفه زعفرانلو و ملقب به شجاع الدوله گردید، از جماعات (ترکان) گرائیلی در خراسان طایفه بغایری حالا در بام و صفی آباد سکنی دارند . پس از تسخیر قوچان مرکزفرمانروایی ایلخانان کرد زعفرانلو در سال 1248 قمری، عباس میرزا قاجار پسرفتحعلی شاه برای تضعیف قدرت رزمی کردها، اتحاد آنها را از هم پاشید و یک ایلخانی دیگر کرد را در بجنورد تشکیل داد که نخستین ایلخانی شادلو بود و نجفعلی خان شادلو پدر زن رضاقلی خان بخاطر همکاری باعباس میرزا قاجار به این سمت منصوب شد.اما ایلات معتبر 32 گانه در خراسان که هر کدام جایگاه و نقش ویژه ای در تاریخ خراسان دارند، برخی بدین شرح می باشند.قراچورلوها : که در زمان نادرشاه با او جنگیدند وسرانجام با او صلح و نجف سلطان کرد قراچورلو و محمدخان قراچورلو از فرماندهان این ایل بزرگ هستند که در جنگهای ایران و عثمانی و ایران و هندوستان در تمام سالها درکنار نادرشاه بودند. سبزعلیخان کرد قراچورلو سر محمدحسن خان قاجار پدر آغامحمدخان را برید و به کریم خان زند اهدا کرد و حکومت صفویه را تثبیت نمود.حسینقلی خان قراچورلو حاکم سرحدات ثلاثه بجنورد و پدر شادروان خانلرخان قراچورلو (متوفی اسنفد 79) نیز همراه سردارمعزز شادلو در مشهد به امر رضاشاه اعدام شد. محل استقرار قراچورلوها (مامیانلوها) در درگز، بجنورد و اسفراین می باشد.کیکانلوها : درسراسر نواحی شمال قوچان از آش خانه و بجنورد گرفته تا درگز اسکان گرفته اند و جمعیت زیادی را تشکیل می دهند. مرکز حکومت کیکانلو بر عهده خوانین اوغاز بوده که معروفترین خوانین آخر آن محمد حسن خان شیخ الخوانین و پسرانش سعادت قلی خان سیوکانلوو قادر قلی خان قبادی بودند کیکانلو ها در زمان ناصرالدین شاه به سه ایل سیوکانلو،بیچرانلو و کیکانلو تقسیم شدند.قهرمانلو: ازمهمترین ایلات کرد است که آخرین رهبر آن ولیخان قهرمانلو بود که به امر رضاشاه درزندان مشهد در سال 1310 مقتول گردید محل استقرار آنها در رشته کوههای شاه جهان درجنوب قوچان و نیز در شیروان و اسفراین بجنورد می باشد.میلانلو: ازمهمترین ایلات کرد در اسفراین است حدود 43 طایفه و ایل کرد در شهرستان اسفراینمستقر هستند و مزارع و کشتزار ها و بیشتر زمین های کشاورزی و مراتع اسفراین متعلق به این مردها که بیش از 80% جمعیت اسفراین را تشکیل می دهندحکومت اسفراین بین ایلخانان بجنورد و قوچان گاهی دست به دست می شد. توپکانلو: که معروفترین ایل بیگی آن فرهاد خان توپکانلو بود که همراه ولیخان قهرمانلو قصد کشتن رضا شاه را داشتند توپکانلو ها در سراسر خراسان از جمله سبزوار و نیشابور و چناران و قوچان و شیروان و اسفراین مستقر شده اند.دیگر ایلات وطوایف معتبر کرد عبارتند از:هودانلو، بادلانلو، زیدانلو،صوفیانلو، توروسانلو، زنگلانلو، باچیانلو، رودکانلو، رشوانلو، حمزکانلو، شیخامیرانلو، جلالی، سیاه منصور، جهان بیگلی، مادانلو، قرباشلو و غیره. اینک نمودارفرمانروایان کرد خراسان از زمان شاه اسماعیل صفوی تا رضاشاه پهلوی. - حاج رستم بیگ چشمگزگ که در دشت چالدران به امر سلطان سلیم امپراطور ترک عثمانی با یارانش به قتلرسید- شاه علیخان کرد چشمگزگ که همراه شاه عباس در سال 1000 قمری وارد خراسان شد.- شاهقلی سلطان میرایل جلیل چشمگزگ و امیرالامراء اکراد سال 1011 قمری- یوسف خان سلطان، میرال جلیل چشمگزگ 1037 قمری- مهراب بیگ فرزند شاهقلی سلطان، ملقب به وکیل الاکراد(1038 قمری)-قراخان پسر مهراب بگ وکیلالاکراد-سام بگ سپهسالار و پدر زن نادرشاه (وکیل الاکراد) -محمد حسین خان ایلخانی 1248 قمری معاصر نادرشاه و شاهرخ امیر گونه خانه ایلخانی معاصر شاهرخ ندری و آغامحمد خانقاجار-رضا قلی خانایلخانی مقتدرترین خوانین ایرانی متوفی 1249در تبعید آذربایجان سام خان ایلخانی فاتح امیر حسین خان شجاع الدوله نجفعلی خان کردشادلو نخستین ایلخانی بجنورد سال 1248 قمری-هراتملقب به شجاع الدوله متوفی 1311 قمری جعفرقلی خان شادلو ایلخانی مقتدر ملقب به سهامالدوله-ایلخانیزعفرانلومسعود 1275 قمری حاکم بجنورد و استرآباد مسموم 1278 -محمد ناصرخان شجاع الدولهپسر امیر حسین خان بنیانگذارشهرجدید قوچان متوفی 1320 قمری -حیدر قلی خانسهام الدوله برادر جعفر قلی-خان مسعود در سال 1288 قمری -عبدالرضا خان شجاع الدوله یا محمد خان سهام الدوله (سردار مفخم) متوفی 1338قمری برادرزاده حیدر قلی خان و متوفی 1322 قمری امیر حسین خان شجاع الدوله زعفرانلو حاکم بجنورد و استرآباد که آخرین حکم ایلخانی گری را از عزیزالله خان سالارمفخم (سردار معزز) احمد شاه در سال 1300 خورشیدی ازدولت رضاخان (رضا شاه) که در مشهد به امر رضا شاه در سال 1304 به دار در سال 1305دریافت داشت آویخته شد نگاهی به تاریخ قوچان مرکز فرمانروایی ایلخانان کرد زعفرانلوقوچان که این زمان بر کنار شاه راه بین المللی خراسان به مازندران قرار گرفته و مرکزشهرستان قوچان می باشد تاریخی پر فراز و نشیب داشته است معلوم نیست در چه زمانی قوچان بر این شهر نهاده شده است برای اولین بار که از این نام ذکری در تاریخ رفته در حددود سال 1003 قمری بوده که مؤلف شرفنامه (بتلیس) به آن اشاره کرده و گفته است در زمان شاه عباس کردها را به قوچان بردند. معلوم نیست که آن زمان قوچان تلفظ می شده یا طبق رسم معمول حرف چ را به ج بدل کرده اند؟ بار دگر در سال 1248 قمری پس ازجنگ عباس میرزا نایب السلطنه قاجار با رضاقلی خان زعفرانلو ایلخانی خراسان که سرانجام به تسلیم ایلخانی می انجامد، قائم مقام فراهانی در نامه ای که به فتحعلی شاه نوشته مژده تسخیر قوچان را می دهد و جای واژه خبوشان، قوچان را به کار برده است در دوره اشکانیان نام شهری در این حدود به نام آساک یا آسااک برده شده است و حتی بعد از اسلام نیز شهری در جنوب غربی قوچان کنونی بوده که به استو معروف بوده و تازمان هلاکوخان به این نام مشهور بوده است. در تاریخ دوره غزنویان و مغول و تیموریان در تمام منابع از آن بنام خبوشان نام برده شده است در دوره اشکانیان و ساسانیان شهرهای کوچک ولی پر رونق در جلگه قوچان وجود داشته است که در حفاریهای غیرقانونی سالهای اخیر بسیاری از آثار آن دوران کشف شده است که از جمله می توان محل روستای کنونی (امامزاده) سلطان زیر آبه و کشفیات حدود روستای میرفضل الله و نیز کشفیات اسفیجر اشاره کرد که سکه های اسکندر مقدونی از آنجا کشف شده بوده است. اما خبوشان همان شهر قدیم قوچان بوده که بر اثر زلزله سالهای 1311 و 1312 قمری بکلی ویران شدچون به امر محمد ناصرخان ایلخان زعفرانلو در بین سالهای 1311 تا 1314 شهر کنونی قوچان ساخته شد لذا این شهر را بنام این ایلخانی کرد، ناصریه می گفتند و رفته رفته نام قوچان شایع تر و تثبیت گشت چنان که اعتمادالسلطنه (صنیع الدوله) در مطلع الشمس گفته است که : قوچان که در اصل خبوشان بوده و مغول آنرا قوچان گفته اند، از شهرهای معتبر کردستان خراسان است. پنج یا شش هزار خانوار دارد. مؤلف بستان السیامه جمعیت شهر قوچان در سال 1314 قمری را که هنوز همه مردم شهر که نه در آناسکان نگرفته بودند ،تعداد 15 هزار نفر نوشته است.از حوادث مهمی که در شهر جدید قوچ انروی داده قیام سردار کرد زعفرانلو در آخر دوره عبدالرضا خان شجاع الدوله ایلخانقوچان می باشد. مرگ شجاع الدوله در سال 1298 خورشید، قیام نافرجام کلنل محمدتقی خان پسیان و شکست خوردن او از کردهای قوچان در پاییز 1300 از دیگر حوادث این شهر است حرکت کردهای قوچان به همراهی امیرجان محمدخان فرمانده لشگر شرق ترکمن صحرا از وقایع سال 1303 خورشیدی میباشد.قیام سالارجنگ که حکومتی کمونیستی بود و از مروه تپه در غرب بجنورد در گلستان کنونی آغاز گشت و بجنورد و اسفراین و شیروان تسخیر شد و سالار جنگ (لهاک) با نیروهایش وارد قوچان گردید به وسیله خوانین کرد قوچان محاصره و مغلوب به شوروی متواری گشت. رضاشاه درمرداد 1305 برای تقدیر از این عمل کردهای خراسان به قوچان آمد.ویرانی بسیار از بناهای قوچان تلفات سنگین نیز در بهار 1354 از دیگر حوادث گذشته به شهر قوچان فرآورده های گله داری،کشاورزی و باغداری است به ویژه انگور و کشمش قوچان شهرت جهانی دارد.صنایع دستی ، بافتنی ازجمله دستبافت های زنان کرد مانند جاجیم، پلاس، قالیچه ، دستکش، پاتاوه، جورابهای رنگین زیبا و مانند آن است و پوستین بافی و نمدبافی و چارق دوزی از دیگر صنایع دستی قوچان می باشد.در زمینه هنر وموسیقی قوچانیک قطب و مرکز هنری درشمال کشور می باشد.